La quena estándar está afinada en la escala de Sol Mayor. Sin embargo, a esta misma quena se la denomina a veces quena en la menor. Esto obedece a que, hace varias décadas, la perforación más lejana a la embocadura no se obturaba, sino que hacía las veces de sonador: su única función era fijar la frecuencia de la nota la, que era, así, el tono más grave utilizado en el instrumento. Luego la construcción de la quena evolucionó, otorgándosele al tubo la longitud suficiente para que produzca un sol al encontrarse tapados todos sus orificios.
(El nombre quena en la menor, por otra parte, no es del todo inadecuado para referirse a la quena estándar, ya que se trata de la única quena cuya notación escrita se corresponde con la tonalidad real. Y esta particularidad queda bien explícita al mencionarse la tonalidad de la menor, que es relativa de la tonalidad propia de la mayoría de los instrumentos no transpositores, es decir, Do Mayor.)